Você deveria saber. Seu aplicativo é de 32 bits ou 64 bits? Você pode configurar isso para VB.NET .... e .... 64 bits faz talvez pouco sentido para a maioria dos aplicativos (essa é a razão pela qual não há nenhum escritório de 64 bits em uso amplo - ms recomenda contra o uso dele a menos que há uma necessidade, como HUUUUGH excel folhas).
Como você diz:
The target CPU of our VB.NET app is x86.
Isso diz que você tem um aplicativo de 32 bits. Então você precisa do tempo de execução de 32 bits.