Infelizmente, não tenho como migrar grupos locais para o domínio, de modo que você não precise alterar nenhuma das permissões do sistema de arquivos. Embora você possa facilmente fazer alguns scripts que leiam os grupos locais e criem grupos com nomes equivalentes no AD, eles não são realmente os mesmos grupos. Os SIDs do grupo serão sempre diferentes. Portanto, você ainda precisará atualizar as permissões onde quer que esses grupos locais sejam referenciados para apontar para seus equivalentes de domínio.
A outra opção que você teria seria deixar os grupos locais intactos e apenas adicionar seus novos usuários de domínio aos grupos locais. Ou melhor ainda, faça o trabalho para criar seus grupos de domínio equivalentes e apenas adicione os grupos de domínio ao seu grupo local equivalente. Por fim, você ainda está gerenciando o servidor de arquivos usando grupos locais. Mas você está, pelo menos, utilizando usuários de domínio até que você tenha tempo de passar pelo servidor de arquivos e atualizar as permissões. A única coisa que isso não resolveria seriam pastas vinculadas diretamente a usuários locais existentes, se houver alguma delas.