Eu olhei para o status da tabela e verifiquei que o campo Fileid era um incremento automático e que ele estava preso em 375086058, que é o número que agora diz ser duplicado. Eu recebi essa informação com os dois comandos a seguir:
mysql> describe File;
mysql> show table status where name='File';
Para resolver esse problema, atualizei o auto_increment para o * next (number:
mysql> ALTER TABLE File AUTO_INCREMENT=375086059;
Isso levou cerca de 10 minutos devido ao tamanho da tabela. Parece ter resolvido o problema.