Acontece que a solução foi bem simples: certifique-se de montar o md3 antes do md2. Estas instruções são especificamente para o Debian 6.
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No /etc/mdadm/mdadm.conf, coloque as unidades na ordem que você deseja montar. Neste exemplo, ARRAY / dev / md3 metadata = 1.2 ARRAY / metadados de dev / md2 = 1.2
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Execute 'update-initramfs -u'. Isso foi o que eu estava sentindo falta antes!
Agora, quando o computador inicializa, ele primeiro monta o md3 e depois monta o md2. Anteriormente, ele montava o md2 primeiro e falhava porque não encontrava o md3.