Pelas barras de ferramentas, suponho que você esteja falando do menu indicador de mensagens. Nesse caso, esse é um bug conhecido: link
Em 12.10, a API libindicate foi descontinuada e uma nova API foi introduzida (libmessaging-menu). Se você observar a página de bug, muitos aplicativos estão sendo portados para essa nova API, incluindo o Pidgin.
Parece que o bug do Pidgin está em andamento, pelo menos, então teremos que esperar isso.