o keytool java não suporta totalmente os arquivos de certificado codificados PEM (ascii). Você poderia convertê-lo para um vertente codificado por DER (binário) emitindo:
openssl x509 -in <der certificate file> -inform PEM
-out <pem certificate file> -outform DER
Depois de converter o certificado em um formato suportado, a importação de keytool deve funcionar.
keytool -import -trustcacerts -alias <your alias>
-file <der certificate file> -keystore <keystore-file>