Eu assumo que você quer dizer /etc/defaults/periodic.conf (também conhecido como /private//etc/defaults/periodic.conf)? Nesse caso, ele é lido pelos scripts de manutenção periódica toda vez que eles são executados, portanto as alterações devem entrar em vigor imediatamente (o que na verdade significa que a próxima execução de manutenção é executada, geralmente na manhã seguinte às 3:15).