If I use Squid, is it possible in this situation to filter on each department?
Existem alguns métodos. Configure e exija autenticação de proxy , possivelmente usando Kerberos ou NTLM se você tiver um domínio do Windows. Com a autenticação de proxy, você pode usar o usuário autenticado em ACLs.
A outra opção é garantir que todos os clientes em um determinado grupo recebam um IP dentro de um intervalo específico. Dessa forma, você pode construir ACLs com base no IP de origem.
Veja a FAQ do Squid ACL para detalhes e outras possibilidades.