assumindo que você tem duas instâncias, uma em tcp / 3306 e outra em tcp / 3307, você pode realizar o que deseja implementando a lógica dentro do código (php, python, perl, etc)
então ficaria assim
resultsdb1 = qry(localhost,3306,"DB1","select * from table1")
resultsdb2 = qry(localhost,3307,"DB2","select * from table1")
então, no código, você pode comparar os resultados conforme necessário. o where / select não pode estar entre os servidores mysql, seja em portas diferentes ou de outra forma.
(você tem que escrever essa função qry, estou apenas usando isso como exemplo)