A string de consulta não faz parte da string que você está correspondendo no RewriteRule
. Em vez disso, você precisará de algo assim:
RewriteCond %{QUERY_STRING} report=SingleArticle [NC]
RewriteCond %{QUERY_STRING} file=Data [NC]
RewriteCond %{QUERY_STRING} ArticleID=([0-9]+) [NC]
RewriteRule ^.*/database\.cgi /oldarticle/id%1.htm? [R=301,NC,L]
Eu divido as condições para que a ordem da string de consulta não seja codificada, mas não tenho certeza se isso é importante para você.