A única coisa que estou fazendo neste momento é exportar as chaves do IIS do servidor com
aspnet_regiis -px "iisConfigurationKey" "D:\iisConfigurationKey.xml" -pri
e compare os arquivos, mas isso é meio pesado para ser executado com frequência ao longo do dia, pois a ferramenta de gerenciamento de configurações verifica o estado do sistema. Eu poderia colocar um temporizador sobre ele, como exportar apenas a cada hora ou a cada oito horas, mas eu não consigo pegar os desvios tão rapidamente.