O FAQ link diz:
Q. É possível sincronizar todas as mensagens de um servidor para outro sem recriar a estrutura de pastas e o servidor de destino.
R. Sim.
Por exemplo, para sincronizar todas as mensagens em todos os forders no host1 para a pasta INBOX apenas no host2:
1) Primeiro tente (modo de segurança):
imapsync \
...
--regextrans2 "s/(.*)/INBOX/" \
--dry --justfolders
2) Veja se a saída diz tudo que você quer que o imapsync faça, - A opção seca é segura e não faz nada real.
3) Remover --dry Verifique a árvore de pastas imap no lado do alvo, você deve só tem um: o INBOX clássico.
4) Remover --justfolders