Você precisa encadear seu RewriteRules usando o sinalizador C, conforme explicado na página ServerFault Tudo o que você sempre quis saber sobre as regras do Mod_Rewrite, mas tinha medo de perguntar?
No seu caso, isso funcionaria:
RewriteEngine On
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !\.php$
RewriteRule ^(.*)/(.*)/(.*)$ $1.php?Action=$2&id=$3 [C]
RewriteRule ^(.*)/(.*)$ $1.php?Action=$2 [C]
RewriteRule ^(.*)$ $1.php