Eu encontrei o problema. Os arquivos Python continham os términos de linha do Windows ("\ r \ n") em vez dos terminais Unix ("\ n"). IPython foi capaz de executá-los de qualquer maneira, mas env não, lendo a linha shebang como chamando "python3 \ r". Mudar os finais de linha para o estilo Unix resolveu isso. Muitos editores de texto têm um comando para fazer isso, por exemplo, Geany tem várias opções em Documento / Set Line Endings .