Você está executando o Standard Edition ou o Enterprise Edition do Windows Server 2003? Se você estiver usando o Enterprise Edition, poderá instalar o WSRM e restringir a CPU usada pelo W3WP.EXE.
Mas, de um lado, quero primeiro entender por que o W3WP.EXE está consumindo muito CPU. Suas ferramentas aqui são da Microsoft SysInternals: Process Explorer e Process Monitor.
Use o Process Explorer para confirmar se o W3WP.EXE está causando o problema e obtenha uma compreensão mais aprofundada de seu uso de CPU, E / S e memória. Uma coisa a ter em conta aqui é a sua memória disponível e atividade de paginação. Você precisa de mais de 4 GB, por exemplo. Eu não sei o quanto o seu STORE.EXE está usando. No entanto, não exceda 8 GB para um servidor Exchange 2003.
Depois disso, use o Process Monitor para observar o que está fazendo. Configure um filtro para "Process Name IS W3WP.EXE" e selecione "Drop Filtered Events". Agora, você estará assistindo apenas ao seu processo de trabalho.
Se nada aparecer, limpe o filtro padrão que exclui a atividade do processo "Sistema". O motivo é que acho que é aqui que você verá sua atividade HTTP.
Isso pode lhe dar algumas pistas sobre o que está acontecendo.