Acabei de encontrar a resposta em irc.ltsp.org, consulte 14:25 às 14:35 .
Existe um parâmetro lts.conf chamado RCFILE_01 ... RCFILE_10 que permite executar scripts como serviços do sistema na inicialização:
RCFILE_01...RCFILE_10
string, default unset
Commands to be executed from /etc/rc.local when the client boots
Citação do pôster original do bate-papo na posição 14:35 horas:
... o rcfile está no chroot, e o caminho é relativo ... por exemplo, o arquivo é em /opt/ltsp/(arch)/etc/rc.local/a_filename e em lts.conf é RCFILE_01="/ etc / rc.local / a_filename"