O phpmyadmin parece estar usando o debconf para a configuração do pacote principal. O que significa que o método padrão de pré-semeadura se aplica.
Veja:
Além disso, se você definir o instalador como configuração não interativa ( DEBIAN_FRONTEND=noninteractive apt-get -y install
), poderá simplesmente fazer o script ou atualizar manualmente os arquivos de configuração depois que o pacote tiver sido instalado.