A técnica que seus usuários estão usando é essencialmente a teoria básica por trás dos ataques distribuídos de negação de serviço (DDoS) (ou seja, inundar um servidor com tanto tráfego que não consegue lidar).
Meu conselho seria instruir seus usuários a usar o aplicativo de uma maneira diferente ou entrar em contato com eles para descobrir se há um motivo legítimo pelo qual eles estão usando o aplicativo dessa forma e corrigir esse motivo.
Se nada mais funcionar, bloquear os usuários (talvez através de fail2ban ) é um último recurso. Inundar o servidor com tráfego por qualquer meio não deve ser tolerado, e tornar as coisas mais rápidas só permitirá que os usuários problemáticos inundem o servidor com mais tráfego.