A solução para tudo isso foi a falta de espaço no meu computador. Eu aumentei o espaço e todas as questões voaram aqui. Postando aqui caso alguém passe por situação semelhante.
Eu tenho um usuário xyz que é capaz de criar arquivos em um diretório, mas quando tento escrever algo no arquivo recém-criado, ele falha. O arquivo tem permissões adequadas de leitura e gravação para o proprietário, por exemplo, xyz. Quando tento editar o mesmo arquivo via root, ele é bem-sucedido.
Então, qual pode ser o problema? Tudo estava funcionando perfeitamente alguns dias atrás, onde eu estava sob um servidor proxy.
Além disso, mesmo dando nome de usuário e senha corretos ao meu phpMyAdmin, ele faz o login, mas redireciona novamente para a minha página de login.
Tags root sftp ftp ubuntu file-permissions