Adicione outra regra de reescrita, que deve estar antes da outra no arquivo de configuração:
RewriteCond %{SERVER_NAME} ^www\.(.*)
RewriteRule ^/(.*)$ /www/hosts/${lowercase:%1}/docs/$1
O que você está fazendo aqui é combinar o nome do domínio com um regexp. Se o nome de domínio começar com "www.", Tudo depois de "www." será armazenado na variável% 1. Na próxima linha, você está reutilizando essa variável em vez de todo o ServerName.