Para o diretório ativo, consulte Fusão, aquisição e alienação do Active Directory: Limitações de Reestruturação
No entanto, esta é a ponta do iceberg. Você também precisa se preocupar com e-mails, problemas com aplicativos, conjuntos de permissões, etc. Essa é uma pergunta muito ampla e acho que você será mais capaz de fazer uma pergunta mais específica depois de ler esses artigos.