Como você está usando o Apache como um proxy para o IIS, você deve estar em boa forma. Pelo que me lembro de nossa própria atualização do Exchange 2003 para 2007, o OWA para 2007 inclui o site de 2003 e fará o proxy dos usuários para os servidores de 2003 internamente . Portanto, você apontaria seus servidores Apache nas instalações do OWA de 2007 e, em seguida, essas instalações do IIS promoveriam o proxy de seus usuários com base no 2003 para os servidores front-end de 2003.
É uma cadeia longa, mas deve funcionar.