Se você tiver domínios distintos, provavelmente deverá ter blocos de servidores separados.
server {
listen 80;
server_name domain1.com;
access_log /var/www/access.domain1.log;
error_log /var/www/error.domain1.log;
root /var/www/domain1.com;
location ~* \.php$ {
fastcgi_index index.php;
fastcgi_pass 127.0.0.1:9000;
include fastcgi_params;
fastcgi_param SCRIPT_FILENAME $document_root$fastcgi_script_name;
fastcgi_param SCRIPT_NAME $fastcgi_script_name;
}
}
server {
listen 80;
server_name domain2.com;
access_log /var/www/access.domain2.log;
error_log /var/www/error.domain2.log;
root /var/www/domain2.com;
location ~* \.php$ {
fastcgi_index index.php;
fastcgi_pass 127.0.0.1:9000;
include fastcgi_params;
fastcgi_param SCRIPT_FILENAME $document_root$fastcgi_script_name;
fastcgi_param SCRIPT_NAME $fastcgi_script_name;
}
}
server {
listen 80;
server_name domain3.com;
access_log /var/www/access.domain3.log;
error_log /var/www/error.domain3.log;
root /var/www/domain3.com;
location ~* \.php$ {
fastcgi_index index.php;
fastcgi_pass 127.0.0.1:9000;
include fastcgi_params;
fastcgi_param SCRIPT_FILENAME $document_root$fastcgi_script_name;
fastcgi_param SCRIPT_NAME $fastcgi_script_name;
}
}
Além disso, a menos que seja necessário, você não deve aninhar um conteúdo de sites dentro de outro. Melhor mantê-los diretórios separados, caso você precise mover um para outro servidor, por exemplo.