Você pode querer colocar o Alias em seu próprio host virtual. Por exemplo:
<VirtualHost *:80>
ServerName www.mydomain.com
ServerAdmin [email protected]
DocumentRoot /var/www/whatever.mydomain.com
Alias /whatever /var/www/whatever.mydomain.com
ErrorLog /var/log/apache2/www.mydomain.com-error.log
CustomLog /var/log/apache2/www.mydomain.com-access.log combined
</VirtualHost>
É assim que eu faria, mas é claro que existem várias maneiras de fazer as coisas corretamente no Apache. Se funciona, funciona ...
Quanto à sua última pergunta: você não pode realmente usar variáveis em arquivos de configuração (exceto algumas exceções), mas existem módulos de terceiros que podem valer a pena ser investigados. Um é mod_macro: link Outro que pode ser usado para tornar os arquivos de configuração mais dinâmicos é o mod_perl, mas esse é um tópico realmente avançado.