Você está manipulando as subchaves do registro HKLM\Software\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\ProfileList ao usar essa ferramenta. Não tenho conhecimento de nenhum método programático para fazer modificações na lista de perfis. Se eu estivesse em sua situação, escreveria toda a manipulação de pasta programática como um script de logon e usaria um valor de registro para agir como um "watchdog" para permitir que o script fosse executado no primeiro logon do usuário, faça as alterações e marque o registro para que o script não seja executado em logons futuros.