Acho que você está confundindo estruturas de arquivos com estruturas do Active Directory.
Você normalmente criaria UOs no AD para refletir a organização lógica de sua empresa (portanto, coisas como UOs diferentes para departamentos diferentes são aceitáveis). No entanto, o objetivo das UOs é realmente gerenciar grupos de computadores ou usuários separadamente, por meio da Diretiva de Grupo: não há controle do acesso a arquivos diretamente pelas UOs.
Portanto, dependendo de como você deseja configurar a política de grupo, você pode ter apenas uma OU para todos os usuários e outra para todos os seus computadores e, em seguida, criar grupos de segurança separados para as diferentes equipes.
A maneira que geralmente faço é, então, para cada pasta / compartilhamento no servidor, criar um grupo de segurança. Então, para compartilhar "Finanças" eu criaria o grupo de segurança "FS_Finance" e daria a esse grupo permissões no compartilhamento de pasta. Em seguida, adicionaria o grupo de segurança "Equipe Financeira" ao grupo FS_Finance (pois eles precisarão de acesso), bem como usuários individuais (como um MD).
No entanto ... suas perguntas sugerem que você não tem certeza sobre como o Active Directory funciona. Como ele se torna essencialmente o núcleo da sua rede, é importante entender como configurá-lo em termos de DNS, DHCP, etc. Além disso, é necessário considerar dois controladores de domínio do AD - o que acontece se o seu único controlador de domínio morrer? Você não poderá autenticar ou acessar nenhum recurso do domínio.
Apenas algumas das considerações, e vale a pena solicitar aconselhamento externo para garantir que seja feito corretamente.