Primeiro, você pode verificar o slow-query.log para consultas que não usam índices.
Segundo, você poderia explicar quantos GB é o banco de dados? Para mim, parece que o banco de dados é muito grande (em comparação com 1 GB de RAM de sua máquina linode, e o servidor db não pode servir a partir do buffer pool, ele precisa ir para o disco para os dados novamente e novamente. Tente aumentar a configuração do buffer pool e verificar índices.