Você não pode fazer o que você está querendo. É uma versão "normal" (não-SBS) do Windows ou SBS. Você não pode "atualizar" para ele e manter suas configurações ou programas anteriores.
Portanto, se você estiver determinado a ir para uma edição do SBS, precisará instalar o SO 2008 R2 e perdê-lo, ou obter um segundo servidor e instalar o SBS nele.
Mas antes de eliminar seu sistema operacional existente ou de comprar um novo servidor, você considerou o Hyper-V? (É a plataforma de virtualização da Microsoft.) Você poderia (pelo menos, teoricamente) instalar a função Hyper-V na caixa 2008R2 e depois instalar o SBS como uma VM, permitindo que você use os dois servidores - a maioria das funções principais teria de ser migrado para a caixa SBS devido à maneira como o SBS funciona e suas restrições de licenciamento, mas não há motivo para escolher entre uma nova caixa SBS e sua instalação existente.