Eu uso duplicidade em vez de rdiff-backup , mas pelo que entendi, seu problema está aqui:
My idea was to transfer data initially on physical media to remote server. After that transfer I synchronized the data by rync to make sure they are identical. Now I want to do intial rdiff-backup.
Solução que funciona
A solução mais simples é rdiff-backup para essa mídia física na origem do backup, em vez de copiar e rsyncing dados. Em seguida, transfira o backup via mídia física para o servidor remoto e use-o como um diretório de backup para backups remotos. Porque ao copiar e rsyncing ainda não há backup inicial e o programa precisa cruzar todos os arquivos e salvar os metadados. Assim, o Getting delta... . O que provavelmente não está transferindo arquivos inteiros, apenas um monte de checksums.
Solução que não funciona
Pode valer a pena tentar rdiff-backup da mídia física em um diretório e, em seguida, remotamente rdiff-backup lá do servidor remoto. Embora se rdiff-backup também usar alguns metadados locais (duplicidade), você (ou ele) terá que transferi-lo de volta ou recriá-lo.
Editado de acordo com o que funcionou para o OP.