Dependendo de você tê-los ou não, /proc
e /run
provavelmente devem ser ignorados e /boot
pode não ser montado.
Você também descobrirá que /var/log/
contém muitos dados que você provavelmente não deseja fazer backup, mas dependendo da conformidade, talvez seja necessário.
Os arquivos em /mnt
podem ser montagens NFS de outros servidores ou mídia externa. Geralmente, as montagens NFS seriam submetidas a backup do servidor em que os discos são locais, mas nem sempre é esse o caso. A mídia externa pode ou não precisar de backup.
As unidades montadas podem ser montadas em outros locais. Examinar em /proc/mounts
deve informar onde esse é o caso.
Naturalmente, o (s) seu (s) servidor (es) pode (m) ser único (s), e a maior parte deste problema pode estar completamente errado.