No GADS, há seções para ignorar contas do AD (não criar contas do Google Apps) e ignorar contas do Google Apps que não têm uma conta do AD correspondente. Usei essa segunda seção para proteger o administrador e outras contas importantes da exclusão acidental. Continue pescando nas configurações e você encontrará.
A configuração é encontrada na seção Configuração do Google Apps. Aqui está um link no manual.
Regras de exclusão do Google Apps:
RegrasdeexclusãodeusuáriosdoAD: