Veja o AddHandler / RewriteRule descrito em:
Essa abordagem dará precedência para arquivos estáticos e / ou arquivos PHP em DocumentRoot e somente se uma correspondência não for encontrada dessa maneira, ela retornará ao aplicativo Django.
Como alternativa, monte seu aplicativo Django em uma sub-URL e não na raiz do site.
WSGIScriptAlias /suburl /var/www/djangosite/pyproject/mysite/mysite/wsgi.py
BTW, sua configuração acima parece errada. Isso só poderia funcionar se o URL que você está usando é prefixado por '/wsgi.py'. Você cortou e colou errado e realmente significa:
WSGIScriptAlias / /var/www/djangosite/pyproject/mysite/mysite/wsgi.py
IOW, o último argumento deve referenciar o arquivo wsgi.py e não o diretório.