O Aptitude sempre instalará a versão mais recente disponível nos repositórios (exceto em alguns casos especiais como pinagem ou quando direcionados para instalar uma versão mais antiga especificamente).
A família Debian de distribuições Linux (assim como a família Red Hat) testam uma versão específica de um determinado pacote de software para uma versão do sistema operacional (no seu caso, o Debian 6 com Apache 2.2.16) e a mantém assim versão para o lançamento inteiro por uma questão de estabilidade e compatibilidade de configuração, backporting em qualquer segurança ou correções de bugs importantes.
Portanto, o apt instalou a versão mais recente do pacote apache2
no repositório, que é a versão que foi testada com esse sistema operacional e é oferecida no repositório do Debian 6. Se você precisa do 2.4 por algum motivo específico, você deve ser capaz de encontrar um repositório de terceiros que ofereça um pacote para ele.