Eu acredito que você colocou isso para a raiz padrão do documento que é / var / www em servidores baseados em Debian / Ubuntu e / var / www / html para redhat / centos.
Você tem que fazer vários hosts virtuais
crie um para user1, por exemplo, em / var / www / html / user1 make other for user2 em / var / www / html / user2
Crie um arquivo .htpasswd diferente para cada usuário e coloque-o no arquivo host virtual de acordo.