Não há dicas específicas substituindo uma réplica DFS de 2003 por uma réplica de 2008 R2. Obviamente, você não poderá aproveitar os recursos mais recentes do DFS, mas provavelmente não esperava isso de qualquer maneira. Apenas certifique-se de remover o servidor antigo como um destino e inclua o servidor substituto em seu lugar.
Não tenho certeza sobre o limite de tamanho de disco em suas datatstores; minha resposta honesta seria criar novos armazenamentos de dados com > blocos de 2MB e usar esses / ehose datasotre (s). (Supondo que essa seja a causa do tamanho do disco ser limitado a 512 GB).
Em relação à minimização do tráfego de replicação, a melhor solução que encontrei é pré-preencher o servidor com os dados em quesiton, neste caso, restaurando o backup de dados para o que será o destino do DFS no servidor antes de adicioná-lo de volta como um destino DFS.