Se você deseja ter 99,9% de certeza de que seus arquivos python não podem ser baixados, coloque-os fora da árvore de documentos do servidor web e certifique-se de que seus scripts estejam seguros (verifique os links abaixo):
Inclusão de arquivos locais explicada
Inclusão de arquivos remotos explicada
Não se esqueça de definir as permissões de arquivo corretas para seus scripts. Você também pode querer desabilitar algumas funções do banco de dados como LOAD_FILE (), que normalmente é usado apenas por hackers.