Você pode fazer o Eclipse abrir uma área de trabalho específica na inicialização usando o arquivo 'org.eclipse.ui.ide.prefs'.
No Ubuntu usando o Eclipse 3.7, encontrei isso em ~ / .eclipse / org.eclipse.platform_3.7.0_155965261 / configuration / .settings /, mas você pode procurá-lo.
O Eclipse sempre oferece para abrir primeiro o espaço de trabalho mais recente. Você pode definir o espaço de trabalho mais recente usando a propriedade RECENT_WORKSPACES. Você também pode definir 'SHOW_WORKSPACE_SELECTION_DIALOG = false' para que o Eclipse abra essa área de trabalho sem perguntar.
Espero que isso ajude.