O nodejs está disponível como um pacote no Precise:
Portanto, deve ser suficiente executar apt-get install nodejs nginx
e deixar que os mantenedores de pacotes cuidem da instalação.
Há muita documentação sobre como configurar o nginx como proxy; basta olhar em volta. Por exemplo, aqui está a documentação oficial do módulo proxy .
Para a localização dos arquivos do projeto, isso depende do seu projeto. Eles precisarão de permissões para que o usuário que está executando o nodejs possa acessá-los.