Então, o Nginx não lida com o próprio PHP, você deve cultivar algo como PHP-FCGI, isso mostra algum erro em seu arquivo de log?
Você precisa ter certeza de que configurou o PHP-FPM corretamente para ler a raiz correta do documento. Provavelmente, passe por algumas instruções como estes e verifique se você configurou tudo corretamente.
Este não será um problema do Magento, mas um problema com a configuração do seu servidor web ou do seu servidor PHP.