Desde que você tenha acesso root, você pode ftp (ou sftp) de um servidor diretamente para o outro. Ou você poderia entrar no server1 e executar o rsync da linha cmd assim:
rsync -av / var / www / html [email protected]: / var / www / html
substitua '/ var / www / html' pelo seu caminho de pasta e substitua '192.168.0.100' pelo seu endereço IP do servidor2