Depois que eu lidei com as pastas /usr/bin , /usr/lib e /usr/lib64 eu as restaurei, mas não consegui su na raiz (e provavelmente outras contas também):
Permissions on the password database may be too restrictive
Esse erro é exibido apenas para usuários sem privilégios. Além disso, isso causa problemas com programas que também exigem privilégios de root, portanto, tornando-me incapaz de "mudar" para o modo de administração da minha conta de usuário normal.
Descobrimos que isso foi causado pelo fato de que nem todas as permissões foram restauradas. Especificamente, o setuid bit em /usr/bin/su não foi definido.
Depois de corrigir isso (como root) com:
chmod u+s /usr/bin/su
Eu consegui su como usuário sem privilégios e uso as ferramentas gráficas que dependem de permissões de root.
Tags permissions su setuid