Respostas às suas perguntas re: os registros DNS são certamente algo que você deve conhecer (e eu o encorajo a olhar para algo como este artigo da Microsoft para alguns detalhes sobre o que eles fazem), mas acho que você provavelmente está interessado em uma resposta mais prática aqui.
Quais são os computadores "servidor 2" e "servidor 3" que usam para servidores DNS? Eu estou supondo que o seu "servidor 1" computador é um servidor DNS (desde que é seu controlador de domínio existente), mas não está claro se você configurou "servidor 2" e "servidor 3" para ser servidores DNS.
Eu configuraria tanto o "servidor 2" quanto o "servidor 3" para serem servidores DNS, com o "servidor 1" especificado como seu único servidor DNS inicialmente. Uma vez que a replicação do Active Directory está funcionando conforme o esperado, eu reconfiguraria o "servidor 2" para usar o "servidor 3" como seu servidor DNS primário e ele próprio como secundário, e o contrário no "servidor 3". Então, você pode transferir as funções FSMO (Flutuação / Flexible Single-Master Operations) do computador "server 1" para qualquer uma dessas novas máquinas e rebaixar "server 1" para um servidor membro para remoção da rede.