Para resolver este problema:
Remova as linhas como:
mysqlnd_ms.enable=1
mysqlnd_ms.force_config_usage=1
mysqlnd_ms.config_file=/etc/mysqlnd_ms_cfg.ini
extension=mysqlnd_ms.so
do arquivo php.ini
Crie um novo arquivo chamado /etc/php.d/mysqlnd_ms.ini
e coloque essas linhas lá e reinicie o php-fpm
service php-fpm restart