Você só precisa implantar o .NET Framework 3.5 via GPO. A versão 3.5 inclui 3.0 e 2.0:
MSDN: "When you install the .NET Framework 3.5 SP1, you get the 2.0 and 3.0 layers automatically."
Além disso, todas as atualizações do 3.5 serão instaladas pelo Windows Update, portanto, não há necessidade de instalá-las como instalações adicionais.