Você está certo, deve ser perfeito. Se você criar uma imagem completa do disco flash usando dd e transferi-lo para outro disco flash de tamanho igual ou maior, ele deve funcionar. Isso deve incluir o registro de inicialização também, a menos que você apenas tenha particionado "dd" em partições individuais.
O erro que você informou normalmente não é causado por esse método. Isso pode acontecer se você copiar apenas coisas como / home e / usr, mas deixar / ser (re) criado (re) instalando o SO.
Você poderia postar outros problemas que está vendo? Você também pode escrever quais comandos você usou para criar a imagem do disco flash e copiá-la.
O problema de áudio que você mencionou no seu comentário é algo que você poderia esperar como resultado de mover um sistema dessa maneira. O problema do sudo eu suspeitaria de algo mais para ser o culpado. O que seria isso? Eu não sei, poderia ser algo que se tornou funky devido ao áudio não funcionar, mas isso é apenas um palpite e é improvável que esteja ligado. Verifique seus registros no novo sistema após a hora de mudar para qualquer coisa que possa indicar um problema.