Estou usando o eclipse neon no Linux Mint e aqui está o meu launcher .desktop, ele inicia normalmente. Você deve apontar o Exec para o diretório de instalação do eclipse e não / usr / bin / eclipse
[Desktop Entry]
Comment=
Terminal=false
Name=EclipseNeon
Exec=/home/user/eclipse/java-neon/eclipse/eclipse
Type=Application
se você não tem certeza de onde o seu executável do eclipse é, você pode encontrá-lo com
sudo find / -executable -name eclipse
espero que isso seja útil