Você ainda pode instalar o software-center (Ubuntu Software Center), que ainda não foi descontinuado; na verdade, ele foi atualizado na versão 16.04. Você também pode usar o Synaptic (Gerenciador de Pacotes Synaptic) para opções mais avançadas. Eu uso os dois, dependendo do que eu quero fazer, eu removi o gnome-software imediatamente após a atualização: P