se você pode colar a saída de;
cut -f1 -d' ' packages.txt | xargs dpkg -l
que ajudaria a mostrar quais pacotes não foram instalados. (Isso pode ser executado em um limite de contagem de argumentos se você packages.txt é muito longo, mas tente e veja)
então você pode tentar instalar ( apt-get install somepackage
) os pacotes que foram perdidos para ver qualquer informação de depuração útil.