Para o número de atributos, acho que não. Basta olhar para o Exchange - ele aumentou o número de atributos de maneira significativa.
Pode haver um problema de desempenho nas consultas, se um atributo não estiver indexado. Provavelmente não é um problema em ambientes menores embora. Apenas uma opção para estar ciente ao criar o atributo.
Se o atributo mudar com freqüência, ele pode não ser um bom candidato para o catálogo global (também conhecido como conjunto de atributos parcial ou conjunto de atributos filtrados) em grandes ambientes distribuídos com vários domínios. Isso ocorre porque o atributo está sendo replicado para todos os controladores de domínio da floresta. "Freqüentemente" é um pouco subjetivo. Um exemplo disso seria o atributo lastLogon, que não é replicado para o GC, mas lastLogonTimestamp, que é.
Se o atributo reter dados e você estiver preocupado em limitar o tamanho dos objetos, poderá usar o atributo rangeUpper. Isso pode ser útil para impedir que os consumidores armazenem strings de 10 Mbytes em um atributo.