Eu tenho uma caixa de centos do linode e defini os /etc/hosts /etc/sysconfig/network e /etc/resolv.conf para apenas um domínio.
Não há problema em hospedar vários domínios na mesma máquina, enquanto apenas um domínio é configurado com o acima?
Por exemplo, se eu tiver hostname.mydomain.com como o domínio principal e tiver alguns vhosts sob o apache somedomain.com e somedomain42.com esta ainda é uma configuração correta?
Também encontrei http://freedns.afraid.org/ . Devo usá-lo no meu domínio? É bom usar um DNS externo em vez do meu DNS de registradores?
Não há nada no sistema operacional que possa fazer com que a configuração esteja errada. Seja qual for o software que você esteja usando para fornecer serviços nesses nomes de domínio, talvez seja necessário que alguns desses serviços locais saibam sobre os outros domínios. Sem saber qual software pode ser, não há como responder.